정부는 이 같은 구조 전환을 위해 건강보험 재정을 연간 3조3000억원, 3년간 총 10조원 지원할 계획이다. 구체적으로 인력 투입에 견줘 보상이 낮았던 중환자실 수가를 현행 수가의 50% 수준인 일당 30만원, 2인실에서 4인실까지의 입원료를 현행 수가의 50% 수준인 일당 7만5000원을 가산해 총 6700억원을 지원한다. 저평가된 중증수술 수가 인상을 위해 상급종합병원에서 주로 이루어지는 910개 수술 수가와 이러한 수술에 수반되는 마취료를 50% 수준으로 인상해 총 3500억원을 지원한다. 두경부암·소화기암 등 중증 암 수술, 심장 수술, 뇌혈관 수술 등이 그 대상이다. 이 밖에 응급실 전문의 진찰료 가산 등 7달간 비상진료를 운영하며 중증·응급 진료에 효과가 있었던 지원 항목도 상급종합병원 구조전환 지원 수가로 반영한다. 3조3000억원의 지원 규모 중 30%에 해당하는 1조원은 병상 감축, 적합 질환 환자 진료 비중 등 성과평가를 거쳐 지원한다.