어렵게 비화폰 서버 제출을 약속받은 경찰은 비화폰 서버를 복구하기 위해 한 달간 포렌식 팀을 동원했다. 첨단 보안기술이 사용된 비화폰 서버를 복구하는 일은 쉽지 않았다. 하지만 특수단은 포렌식 기법을 바꿔가며 시도하다 결국 복원에 성공했고, 그 과정에서 경호처도 모르고 있었던 '비화폰 서버 DB'가 별도로 보존돼 있는 점을 파악했다. 보안 DB 서버와 복원된 기존 서버를 대조하던 경찰은 윤 전 대통령, 노상원 전 정보사령관, 홍장원 전 국가정보원 1차장, 김봉식 전 서울경찰청장의 비화폰 기록이 원격으로 삭제된 점을 포착했다.