메인 화면에서 '숍'을 들어가 보면 세 가지 상점이 반겨준다. 유나이트배틀 사무국, 에오스 마트 그리고 지르코 트레이더스가 그것이다. 각 상점에는 어떤 물건을 취급하고 있을까?
'유나이트배틀 사무국'에서는 플레이어블 포켓몬의 라이선스를 취급하고 있다. 트레이너는 일정한 에오스 코인 혹은 에오스 젬을 지불하여 구매할 수 있다. 에오스 코인은 게임 플레이 혹은 임무, 이벤트 등을 통해 받는 인게임 재화이며, 에오스 젬은 현금 재화다. 라이선스 가격은 각 포켓몬별로 다르다.
'에오스 마트'에서는 트레이너 커스텀을 위한 패션 아이템과 배틀하는 포켓몬에게 맡길 수 있는 지닌도구 그리고 배틀 종료 시에 배틀 포인트 및 에오스 코인 수급량을 증가시키는 부스트 카드 등을 판매하고 있다. 패션 아이템은 랭크 매치 시즌 보상, 이벤트 등에서 확보할 수 있는 인게임 재화 에오스 티켓 혹은 에오스 젬으로 구입할 수 있다. 또한 패션 티켓이라는 또 다른 인게임 재화를 통해 구입할 수 있는 품목도 따로 있다. 추가로 닉네임 변경권도 여기서 구매할 수 있다.
아이템 탭에서는 지닌물건 강화 키트를 취급하고 있다. 해당 아이템은 지닌물건을 업그레이드하는 데에 사용되는 재료이며, 상점에서 에오스 티켓과 1:10 비율로 교환이 가능하다.
'지르코 트레이더스'에서는 포켓몬 스킨을 판매한다. 일반적으로 취급하고 있는 스킨은 현금 재화인 에오스 젬으로만 구입할 수 있으며, 홀로웨어 티켓이라는 유니크한 재화를 통해 구입할 수 있는 탭이 따로 마련되어 있다.